西北这边虽然再打仗，可南北双方经过几次谈判及各方面的因素，最终达成了以下协定：由段祺瑞出任内阁总理组建内阁，由黎元洪任中华民国第一任大总统，国号为中华民国，定都北京，改用民国纪年。同时颁布了《中华民国宪法》，其中明确规定用内阁制。孙文也够诚信，于3月25日，正式发布通电宣布下野，从此跑去天津当寓公。说实话，这南方妥协，不是因为孙文、黄兴想开了，真的觉得共和了。而是段祺瑞在里面使了点手段，至于这个手段嘛，很简单，段祺瑞给广西都督陆荣廷、云南都督蔡锷写了两封信并派人给二人送去。信上说只要他发出通电：支持北方条件。便答应给他们两百万大洋，两万条枪。大概那个年代的人思想很单纯，结果真还答应，并且还真的发出了通电，这两人一发通电，南方各省的几个都督也就通通发出通电。于是孙文与黄兴只能无奈宣布接受北方条件，于是就建立了共和政府，南北实现暂时性统一。不过这个黎元洪当大总统，其实南方觉得辛亥革命时，他便当了湖北都督，并且还不错，所以支持他当大总统。而北方觉得这老黎以前也是前清新军的一个协统，并且最重要的是这哥们儿北上后没有兵，好控制，所以也就接受了南方的意见。而黎元洪不知是祖坟风水好，还是老一辈积下的福多，每次都是这么幸运。武昌起义时，让人从自己家的床底下用枪逼着稀里糊涂的当上了湖北都督。这南北和谈成功后，又被南北方经过一退步，又稀里糊涂的当上了中华民国第一任大总统。虽然是个图章总统（就是只盖印没实权的总统）。人命好了躲都躲不开这句话放在黎元洪身上是再好不过了。段祺瑞就任内阁总理后，开始组建内阁：任宋教仁为交通总长，唐绍仪为外交总长，熊希龄为财政总长，陈其美为教育总长，梁士诒为警察总长，蔡锷为陆军总长，萨镇冰为海军总长兼海军总司令，周学熙为工商总长。改中南海海晏堂为居仁堂并为总理府，改顺王府为总统府。30日在北京举行了典礼，在总理府举行了酒会，各国大使，各地都派来代表前来参加。4月5日，蔡锷宣布：“任职陆军总长，由唐继尧任云南都督。滇军一切权利归于唐继尧。”

不知是蔡锷与段祺瑞私下签定了什么还是真认为让他北上就真的是共和了，竟然发完通电后真的决定坐专列北上。段祺瑞坐专列北上，段祺瑞也真的让他当上了陆军总长，并派兵一百保护，其实被软禁了。段祺瑞又下令：废除前清军制，原来的镇改为师，协改为旅，标改为团，营继续为营，队改为连，棚改为排，改镇统制为师长，协统领为旅长，标统制为团长，营管带为营长，队官为连长。军衔，领章，肩章的样式按西北军政府所提交意见所制。国旗定为五色旗，陆军旗为铁血十八旗，海军旗为青天白日旗。颁布《剪辫令》限全国十日内所有人剪掉辫子。4月6日陆军部颁布了《中华民国陆军章程》其中规定了一个正常陆军师下辖两个步兵旅、一个炮兵团、一个骑兵团、一个工程营、一个辎重营、一个警卫连、一个卫生连。一个步兵旅下辖三个团，一个团1500人，一个炮兵团下辖一个山炮营，野炮营，榴弹炮营，共1200人，骑兵团下辖两个骑兵营，一个骑兵营辖两个骑兵连，一个团共1000人，一个工程营500人，一个辎重营600人，卫生连120人，下辖两个担架队，一个队20人，医官30人，医疗兵50人，一个警卫连120人。但这个章程虽颁布出来了，但是由于各地编制杂乱真正达到这个章程的只怕没几支部队。之后老段又统一了军队番号并且任命了各省的军政长官：一镇改编为陆军第一师，何宗莲任师长，少将衔，驻秦皇岛。三镇改编为陆军第二师，曹锟任师长，少将衔，暂入东北剿匪。四镇改编为陆军第三师，吴风岭任师长兼任热河都统，中将衔。五镇改编为陆军第四师，张永成任师长兼山东都督，中将衔。六镇与暂七镇改编为陆军第五师，张怀芝任师长，驻河南郑州，少将衔。原六镇统制李纯改任陆军次长，少将加中将衔。直隶混成协改为陆军第一混成旅，王汝贤任旅长，上校衔，驻京师，以卫京师之安。组建蒙古边防军，辖三师：陆军第六师、陆军第七师、陆军第八师，徐树铮任六师师长兼蒙古巡阅使、蒙古边防军总司令，授上将衔。七师师长由卢永祥任，少将衔，八师师长由吴光新任，少将衔。外蒙驻六师，七师以防不测，第八师驻内蒙。张勋的江防军改为陆军第九师，张勋任师长，少将衔，驻徐州。东北三省所有军队，改编为东北边防军，二十镇改编为陆军第十师，张作霖任师长兼奉天都督，中将衔，暂编二十三镇改为陆军第十一师，孟恩远任师长兼吉林都督，中将衔，黑龙江混成协改为陆军第十二师，何丰林任师长兼黑省都督。东北边防军总司令由段芝贵任兼巡阅使，授上将衔。陕西所部一镇改编为陆军第十三师，由陈树藩任师长，少将衔，于右任任陕西都督，中将衔。西北四镇改编为西北边防军，一镇改编为陆军第十四师，二镇改编为陆军第十五师，三镇改编为陆军第十六师，四镇改编为陆军第十七师。尹昌衡任西北边防军总司令兼西北巡阅使，上将衔。云南十九镇，改为陆军第十八师，由唐继虞（唐继尧的兄弟）任师长，少将衔。唐继尧任云南都督，中将衔。贵州所部改编为陆军第十九师，由袁祖铭任师长，少将衔，刘显世任贵州都督，中将衔。广西所部改编为陆军第二十师，由沈鸿英任师长，少将衔，陆荣廷任广西都督，中将衔。广州二十五镇改编为陆军第二十一师，暂四十九混成协改为陆军第二十二师，二十一师长由龙济光任，少将衔，二十二师长由蒋尊簋任并兼任广州都督，中将衔。福建第十镇改为陆军第二十三师，孙道仁任师长兼福建都督，中将衔。浙江第二十一镇改为陆军第第二十四师，朱瑞任师长，少将衔，暂编二十一混成协改编为陆军第二混成旅，由萧星垣任旅长兼浙江都督，中将衔。江苏第九镇改编为陆军第二十五师，由徐绍桢任师长，暂编二十二混成协改编为陆军第三混成旅，由艾忠琦任旅长，上校衔，十三混成协改为陆军第四混成旅，旅长由魏宗瀚任旅长，上校衔，徐绍桢兼江苏都督，中将衔。从此不设上海都督，改设上海护军使，泸军改编为陆军第五混成旅，旅长由倪嗣冲任旅长兼上海护军使，少将衔。南京周围民军改编为陆军第二十六师，黄兴任师长兼南京镇守使，中将衔。江西暂编二十七混成协与几支民军改编为陆军第二十七师，由李烈钧任师长兼江西都督，中将衔。湖北所部军队改编为陆军第二十八师，陆军第二十九师，二十八师师长由靳云鹏任，二十九师师长由李厚基任，少将衔。靳云鹏兼任湖北都督，中将衔。湖南所部改编为陆军第三十师，扬德善任师长少将衔，谭廷闿任湖南都督，中将衔。安徽暂编三十一混成协与几支民军改编为陆军第三十一师，由臧致平任师长，少将衔，柏文蔚任安徽都督，中将衔。河南暂编七镇改为陆军第三十二师，暂编二十九混成协改编为陆军第六混成旅，三十二师长由傅良佐任，少将衔，第六混成旅长由曲同丰任，上校衔。由张怀芝任河南都督，升中将衔。山西所部改编为陆军第七混成旅、陆军第八混成旅，合编为晋边军，阎锡山任晋边军军长兼山西都督，中将衔。全国大大小小共分了三十二个师，八个混成旅，但从中不免可看出段祺瑞从中动了手脚，各地都有皖系的人，所以这一任命可能会掀起一场动乱。