人员上，第二远征舰队采用和第一舰队类似的配置，仍然是陆海军各出一位负责人，贸易委员、外交委员、随军教士以及三位船长组成舰队管委会，对整个舰队负责。 舰队管委会构成分别是海军的三位船长黄安、金晓钟和辛利平，陆军司令魏勇、贸易委员楚俊生、外交委员郭诚和随军教士倪涛。 不过，随着归化殷人技能和忠诚度的提升，第二远征舰队内只有59位公民，他们一多半是军官，需要指挥和管理812名各个不同岗位的殷人船员和士兵。 本次舰队将从新华港出发，一路南下至墨西哥外海，然后沿着北赤道暖流向吕宋岛航行，预计只需要花费4个月时间。 回程则从马尼拉沿着日本北上，顺着北纬42°到45°的黑潮回到新大陆，需要六个月。 这就是西班牙大帆船贸易航线。 当然，鉴于需要寻找第一舰队，所以第二舰队不会在第二年马上回来，而是会北上广州、上海天津等地搜寻第一舰队的踪迹。 此外，第二舰还被要求在东南亚和澳大利亚沿海寻找合适的地点建立据点和城堡，以便为后续舰队的到来提供落脚点……欧洲市场是市场，亚洲市场也是市场啊！ 开拓亚洲不仅可以获得急需的人口和各种物资，也能顺势占领澳洲东南亚的一部分关键地区。 尤其是澳大利亚，国内的一些铁血分子对澳洲这块庞大无主之地的觊觎已经达到狂热的程度，执委会也不得不顺从这种趋势。 从各种角度来看，澳洲也确实非常诱人，广阔的土地，金矿、造船木材，东南方向的大牧场……找不到不去占领的理由！ 野心勃勃也好，贪婪也罢，人口的增长，工业的进步，让新生的华夏新洲共和国这个团体越来越有活力，第二远征舰队宏大的目标，就是这种活力的体现。 …… 随着一阵阵欢呼声，和第一舰队出行的时候一样，执委会众人和新华港的市民再次在码头相送。 黄安站在新洲号的甲板上，也拿着军帽对岸边挥舞。 “再见了！”
他看着越来越远的港口，戴上军帽心里默默说道。 因为严家傲的劝说，黄安最后还是答应了担任第二远征舰队的海军司令。 温堡号和新湾号的船长金晓钟和辛利平都是海军第二批培训的军官，虽然年纪都比黄安大一些，但是在经验和资历上都不如他。 不过，比起资历，他同样比不上魏勇，所以舰队管委会主任由后者担任。 当然，按照默认的规则，在船上大家听海军的，在陆地上，大家听陆军的，让专业的人做决定。 “……船长阁下，在我看来，这支舰队和船上的军队完全可以试着登陆墨西哥沿岸，袭击西班牙人的城镇，然后选择性地和西班牙人的海军打一打……为什么一定要去马尼拉呢？ 那个鬼地方除了一些香料之外，就是野蛮的土著，半个世纪前麦哲伦就死在了那里！”
在黄安耳边絮絮叨叨抱怨的人，正是已经接受第二远征舰队雇佣，担任航海顾问的荷兰私掠船长弗里德斯。 最近一个月的相处，已经让他熟悉了黄安的脾气，他知道对方是一个性情平和的人，所以才敢抱怨出声。 他真是不理解东方人的古怪想法，明明墨西哥和秘鲁就有他们需要的人口牲畜和农作物，而且还有强大的海军和陆军，为什么要冒险去东方呢？ 难道东方人口就这么重要？ 印第安人，白人甚至黑人就不能干活吗？ 黄安回头瞥了眼这位航海顾问，“爱德华，这是执委会的决定，我们必须遵守！ 我不希望再听到你向我抱怨！”
“上帝啊！”
弗里德斯无奈地叹气道：“你知道我们要在未来的四个月里面对什么吗？ 坏血病、无风区、海上飓风……我现在已经后悔答应这份雇佣了。”
“……所以，为了你能好好活到马尼拉，航海顾问先生，我希望你拿出自己的本事，尽到自己的职责！”
黄安淡淡地道： “另外，你说漏了一条，我们还可能遇到西班牙人的船只，为了保密，这一路没有船可以逃出我们的视线！”
“……真是一群海上蒙古人！”
弗里德斯用尼德兰语小声嘀咕了一句，又用英语认真说，“……我认为我们遇到其他船只的概率并不大，现在已经是九月了，不是通常的靠港期。 因为西班牙人的贸易限制，除了葡萄牙的商船，走这条太平洋航线的船只其实并不多，至少尼德兰的船不多。 太平洋太大也太空旷了，美洲西岸只有新墨西哥和秘鲁有价值，但也是世界的边缘。 如果遇到敌人，我认为没有武装商船会是我们的三艘战舰的对手。 相比海上敌人，我反而更担心太平洋不断变化的天气和风浪，我真的不想莫名其妙地沉入大海……” 黄安看他怕死的样子，有点怀疑他之前到底是怎么当海盗的。 “……我想你误会了，黄。”
看到黄安的眼神，弗里德斯无奈道：“我可以接受在战斗中死去，但是我不希望死的毫无无意义……” …… 第二舰队的航程比预想中的顺利，花费32天时间，舰队从新华港到达北纬16°附近的海域，这里最近的陆地是1000公里外的墨西哥阿卡普尔特。 顺着洋流，舰队在赤道北侧向西航行，因为三艘战舰的一部分载重被分配到了三艘飞剪船上，加上洋流的加持，舰队的航速平均维持在6～9节左右。 这次舰队携带的粮食是高达100吨的玉米、土豆、大豆和南瓜，这四种作物都很高产，它们将作为澳大利亚和亚洲据点的口粮和种粮。 除了粮食，船上还携带了大批钢制枪头、长刀、钢甲、斧头、钢锯、水泥、铁钉、可以使用米尼弹头的燧发枪、铁锅等武器和生活用品。 以及用于贸易的镜子、黄金、毛皮、呢绒和一批现代工艺品。 1622年1月29日，经历了一场风暴，损失了十六个人后，第二舰队抵达马里亚纳群岛附近，这里暂时没什么价值，舰队船上有简单的海水净化装置（烧水蒸馏），所以暂时也不需要上岸补充淡水。 黄安和魏勇等人商量过后放弃了登陆，最后只是在两个岛屿分别留下了一块小石碑，证明新洲共和国的“先民”曾经到达这里后，就继续向西而去。 2月24日，第二舰队终于发现连绵的翠绿色陆地，根据经纬度测算，这里是棉兰老岛东部海岸。