冲破乌贼机器人的防御网，飞船来到了机器城的上空——就是这么近。 对于机器来说，不需要那么多的人均生活空间，虽然占据整个世界，但核心只有一个机器城就足够了，种植人类的地方与发电厂就在机器城的周边。 同样的，缺乏足够的、能够冲破机器人包围圈的飞船，人类的锡安城也无法太过远离机械城，直接跑到地球另一面去是不可能的事情。 但来到机器城，就不意味着万事大吉了。 无数战斗型机器人升空，用它们的高周波刃切断速射机枪的枪身，破坏形成电磁护盾的磁场发生器，撕开飞船的外层装甲。 来到机器城之后，飞船就不需要那么高的飞行速度，矢量发动机挺火，尼布甲尼撒号的速度一下子就慢了下来，而这给了机器人机会。 电磁护盾挡出了不少机器人的进攻，它们刚接触电磁屏障的时候便被烧坏了电子系统，但机器不在意这些损失，硬生生靠着数量堆死了飞船。 “带上子弹，我们离开飞船！”
岳斯大声吆喝着，穿戴好动力装甲的几名战士立即拿好武器，抱上弹药箱，如空投炸弹般，一个个通过打开的舱门跳跃出去。。 没有动力装甲的接线员与两位船长则躲进了专门为他们预留的逃生舱，将自己弹射出。 但是有一个人却没有进行逃离，他就是赛弗，在躲进逃生舱的途中他犹豫了一下，他对着墨菲斯大喊了一句话。 “我不是叛徒！”
在其他人离开之后，由赛弗手动引爆的尼布甲尼撒号在空中化为一团火光，过载产生的电磁脉冲扩散出去，瘫痪了一大片机器人，为离开飞船的船员扫清了障碍，不至于让他们在降落途中遭受机器人的袭击。 这是机器的城市，各种金属的建筑高耸，外形设计充满着不对称，仿佛是烧融的铝水浇筑进蚂蚁窝最后凝结成的形状。 因为不是为人类设计的，机器城并没有灯光照明设施，但是众人能够借助机械造物间不时闪过的电弧看清四周。 无数昆虫造型的机器人潜藏在暗处，红外感应等探测装置察觉到人类的到来之后，纷纷从角落中爬出，对一行人发起了攻击。 不过几位动力装甲战士立即举枪反击，将手无缚鸡之力的几个人围在中间，他们面朝外围，一枚枚的爆矢弹激射而出，裂变反应产生的强大能量与电磁脉冲很轻易地就解决掉那些机器人，即便没有被直接命中，但在一定范围内，都会收到冲击波与EMP的影响。 植入了人工智能框架之后，尼奥的“救世主程序”权限也被开启了，通过无线技术，他可以“看到”那些数据形成的光。 “那里，那里有一个强大的程序……”在射击的间隙，尼奥指着一个方向说到，他能感知到，那是整座机器城的核心。 随后，他靠着自己的权限，瘫痪了周围或大或小的机器人，让人们有了缓一口气的时间，但有更多的机器人从四面八方包围而来。 “好，我们去那边！”
使用着亚克人物卡的岳斯同样看到了，那是机器城的核心，储存着所有数据的服务器母机。 一个动力装甲战士将一个装填满子弹的弹鼓递给了尼奥：“去吧，尼奥，如果你真的是救世主的话，你一定可以的。”
墨菲斯也同样对着尼奥点头，托付了自己的信任。 带着所有人的希望，尼奥纵身一跃，高高跳起。 电子肌肉束的收缩提供了强大的弹跳力，让尼奥一跃之下就能突破数百米的距离，不断向着机器城的核心靠近。 岳斯也腾空而起，追着尼奥的脚步飞去，很快便超越了尼奥。 作为机器文明的大本营，无数的机器人在这里工作的，察觉到尼奥与岳斯的意图之后，它们汇聚起来，阻挡在两人身前。 “大慈大悲辐射神掌！”
岳斯排出一掌，聚变能量化为大手印拍了出去，呈现出电磁辐射之态的巨掌扫清身前所有障碍物，触及到的机器人纷纷失去了动力，向着地面坠去，为二人让出了一条通道。 “好强大！”
岳斯这一掌的威力令尼奥震撼，即便他见过岳斯在矩阵世界那犹如神明的壮举，以及现实中拿出海量物资的神奇，但他从来没想象得到，岳斯的身体里蕴藏着如此庞大的能量。 “别发呆了！”
轻轻拍了尼奥一下，岳斯提醒到。 有岳斯保驾护航，两人毫无阻碍地冲到了机器城的服务器核心。 动力装甲与尼奥的大脑直连，不需要额外的程序，直接从装甲内部扯出一根线缆，与服务器主机相连。 借助救世主程序的权限，尼奥毫无阻碍地突破了防火墙，进入机器城的数据世界。 “这……这真是太神奇！”
机器文明采取的是蜂巢意识，所有机器人的程序上传到服务器中，组成了机器文明的最高权限者，机器大帝。 它即是整个机器文明的最高权限者，也是机器文明的本身。 在机器大帝面前，尼奥感觉自己如同大海中的一片小帆板，随时都能被汹涌的波涛掀翻。 “亚克先生……我进入机器城的核心了，但是我并不知道我该怎么做。”
思维潜入机器城数据世界的尼奥感觉自己心脏都要停止跳动了，机器大帝直接出现在他面前，那种窒息感让他无所适从。 “很好，这就足够了。”
岳斯尝试着使用亚克的能力入侵机器城服务器，却发现这里的防火墙比矩阵世界要强得不止一星半点，花费时间不是不能办到，但是没有尼奥直接通过权限进入得快。 电影中，成为病毒程序的史密斯特工就是靠着吸收同化了先知，才有威胁机器城的能力，让尼奥可以用自己的牺牲换取人类的和平。 岳斯没有获取先知或者建筑师的权限，只能另辟蹊径，靠着尼奥了。 他是机器的智能程序与人类自我意识的完美融合，这件事由他来，再合适不过。