第1部分，一队太子护卫旅贲军、在旅帅崔器的带领下，攻打突厥狼卫所在的旅舍，崔器之兄、商人崔六郎死于乱战之中；第2部分，内卫营靖安使李泌从狱中提出前不良帅张小敬，让他去调查突厥狼卫；第3部分，蚍蜉团首领龙波乔装商贩，和蚍蜉们带伏火雷入长安；第4部分，张小敬找长安城地下势力大佬葛老获取情报；第5部分，右相李林甫让手下阻挠李泌办案；第6部分，张小敬和崔器找到突厥狼卫首领曹思延，旅贲军遭火攻，张小敬捉住蚍蜉团刺客鱼肠；第7部分，李泌密会太子，得知太子党正在密谋行刺李林甫；第8部分，张小敬于闹市追逐突厥狼卫麻格尔，带马车坠入湖中，伏火雷惊天一炸；第9部分，李泌找贺知章商量，欲阻止太子“干傻事”，结果被“傻子”贺知章养子捕获；第10部分，龙波带蚍蜉和俘虏李泌攻入内卫营救鱼肠，崔器血战至死；第11部分，“幕后主使”贺知章养子被龙波反杀，龙波意不在李林甫而在圣人李隆基；第12部分，李隆基在花萼楼大宴群臣，太子与李林甫争锋相对，党争不断；第13部分，李泌的女婢檀棋在狱中救出李泌，李泌让檀棋通知张小敬，自己赶往花萼楼报信，守将却不理睬，只能孤身潜入花萼楼，被龙波抓获；第14部分，张小敬赶到花萼楼，见到昔日战友龙波，李必得知当初烽燧堡战役真相、以及闻无忌案张小敬替龙波顶罪，龙波欲找李隆基讨个说法、并救出张小敬的真正目的；第15部分，张小敬为救李泌和百姓，“答应”加入蚍蜉，龙波让张小敬杀掉李泌表忠心，张小敬为了百姓将李泌推下大仙灯；第16部分，李泌掉入大仙灯下水池，逃过一死；第17部分，龙波带蚍蜉攻入花萼楼；第18部分，张小敬除掉鱼肠，破坏大仙灯；第19部分，龙波挟持李隆基和杨贵妃，与张小敬“会合”，逃离花萼楼；第20部分，张小敬在途中救下李隆基，与龙波共同坠下城楼；第21部分，两人在城下想起当初一起逃出烽燧堡往事，当时是张小敬救了龙波，如今龙波反救张小敬，龙波临死时告诉张小敬幕后另有其人；第22部分，张小敬离开长安城调查幕后主使，李泌遁入道门，檀棋留守长安，直到十年之后马嵬坡。主线改动最大的是结尾，没有像马亲王的小说里一样，以所谓的“大案牍术”发明者徐宾为最终BOSS，同时也把徐宾的戏份删掉了很多、涉及大案牍术的统统删改，只让其在保护李隆基时痛斥其过；毕竟徐宾作为最终BOSS实在没啥说服力，其动机、能量等各个方面，都不足以支撑其最终BOSS的设定——于是乎编剧们通过来自中亚波斯的“萨珊金币”，暗示安禄山才是最终BOSS，这样还有下一季可以拍。除了主线的结尾，编剧们还把烽燧堡之战的戏份给集中了起来，准备来一场大的武戏；与此同时，主线的其它武戏都有所加强。这样一来，主线剧情就可以如此概括：《长安城十二时辰》中有五股势力，分别是突厥狼卫、贺知章养子、蚍蜉团、右相李林甫、靖安使李泌和不良帅张小敬，在上元节这一天的长安城进行博弈。突厥狼卫憎恨大唐灭其部族，被生父死于李林甫之手的贺知章养子、和烽燧堡之战中被朝廷抛弃的蚍蜉团首领龙波利用，用来吸引注意力，以掩护贺知章养子刺杀李林甫、蚍蜉团刺杀圣人李隆基的真实意图；朝廷得知突厥狼卫的存在，派太子党的靖安使李泌调查此事，李泌从牢中找心怀百姓的前任不良帅张小敬进行调查；贺知章养子也被蚍蜉团利用了，蚍蜉团刺杀圣人李隆基，李泌和张小敬阻止了他们，保护了长安城的百姓们；右相李林甫先是利用贺知章养子一事对太子党发难，然后又趁着蚍蜉团的刺杀搞事，总之是想独揽大权；突厥狼卫、蚍蜉团的背后都有安禄山的支持，目的是想在长安城搞事。修改完主线后，编剧们又开始往回加支线：第1支线，张小敬与杨贵妃的随侍女婢檀棋的感情线；第2支线，张小敬的其它感情线，与新罗娼女（李承丽）、战友闻无忌之女闻染（周池），通过这些感情线增加爽感——同时也大幅删改了闻染的戏份，让她只是无意中卷入此事件；第3支线，展现大唐风华，例如平康坊歌姬影女（王筱沫）、许鹤子（圻夏）等等，同时也要表现盛世灯节之下“金玉其外，败絮其中”的民间疾苦；第4支线，心怀百姓的张小敬——编剧们把杀死熊火帮三十四人的人改成了龙波，而张小敬则是替龙波顶罪；第5支线，其它感情线，李隆基和杨贵妃（权恩菲）、龙波和鱼肠（娜扎）、李泌和阿枝（桥本爱）、元载和王蕴秀（于雯）——这两人的戏份也被大幅删改，特别是王蕴秀被改成了好女孩。和主线一样，支线的武戏加强、文戏相对减少，感情戏增加但不会太过。为了增加深度，让《长安城十二时辰》更加深刻，编剧们从以下几个角度进行了刻画：第1视角，李隆基、李林甫、太子、永王和群臣们在上元节这一天穷奢极欲，底层百姓却缺衣少食；第2视角，张小敬、闻无忌、萧(龙)波等老兵回到家乡，没有得到妥善的安置，其中有一些衣食无着的加入了蚍蜉团；第3视角，通过身为奴婢的檀棋，引出大唐“奴婢贱人，律比畜产”的良贱制度；第4视角，通过右相李林甫处理政务，强调大唐如今藩镇（安禄山）坐大、财政紧张等问题；第5视角，通过张小敬和葛老，展现长安城地下黑市等黑暗一面。编剧们没有让李隆基和马亲王小说里一样，搞什么君主立宪、在遭遇一番惊险后幡然悔悟什么的，他就是沉迷于享乐、沉迷于杨贵妃美好的肉体，才想让李林甫代执朝政、和羽翼日丰的太子互相制约。李泌的恪尽职守、张小敬的力挽狂澜、龙波的临死劝谏、徐宾的当面怒斥、贺知章的苦口婆心、祝慈的直接展示......种种都没能打动李隆基，天宝十四年那场大乱终将到来！