第2部分，入宫十几年却没见过几次李世民、地位比充容徐惠还要低很多的武才人，在李世民生病时负责轮流来值班照顾，与徐惠早有交往的太子李治产生了直接的交集，开始想尽办法勾引李治。李治作为长孙皇后所生幼子，性格外柔内刚、被父亲李世民和舅舅长孙无忌评价为“仁懦”，本来无缘皇位。但是大哥李承乾试图暗杀二哥李泰失败后，联合汉王李元昌、驸马都尉杜荷、陈国公侯君集图谋不轨，事情败露、汉王李元昌被杀，但李承乾被父亲李世民想尽办法保全、只废为庶人；而备受父亲宠爱的二哥李泰，也因为涉嫌谋嫡、以及父亲李世民希望能保全三个儿子，降封顺阳王、安置于均州郧乡县，而老三李治成为太子。在《武曌传》中，李治一边亲自照顾重病的父亲李世民、亲自用口吸毒脓，一边和父亲讨论国家大事、甚至讨论自己上位后应该采取什么政策，而大胆的武则天靠近偷听：李治告诉李世民，自己会保全两位同母兄长李承乾、李泰及其后代，但是要借名声在外的异母兄长李恪的人头一用，他要假装妒恨李恪、暗中找舅舅长孙无忌杀掉李恪，以此来麻痹舅舅长孙无忌、最后以此为由除掉舅舅长孙无忌；重病的李世民听罢一时无语，最后只是对李治说，让李治保全李恪的弟弟李愔、以及两人的后代，此外还要保全长孙无忌的后代，不要让他们绝后。武则天为了吸引李治的注意，和李治讲起了自己当初、说要帮李世民驯服名马狮子骢的事情：先用铁鞭抽打它，不服、再用铁棍敲击它的脑袋，又不服、就用匕首割断它的喉管！李世民外刚内柔，对手段如此酷烈的武则天，虽然表面上夸她有志气，转身却摇了摇头、并不认可武则天；而李治外柔内刚，虽然表面上说武则天的手段太酷烈，转身却开始关注武则天。最终，在武则天的大胆勾引下，两人发生了关系......与此同时，编剧还引出了李治的太子妃王氏、良娣萧氏：太子妃王氏出身太原王氏，性情耿直、不能委曲己意而奉承李治，又不善待下人，舅父柳奭还是长孙无忌的同党；编剧安排了一场戏——李世民病情有所好转、李治代理朝政有所成就，高兴的李治召集自己的妻妾想要饮酒赏月，结果太子妃王氏以李世民没有病愈为由当面拒绝——而宫人刘氏也跟着离开，只想看一看自己亲生的儿子李忠，却被太子妃王氏无情拒绝。（太子妃王氏/王皇后由《长风破浪的姐姐》七号种子选手万西出演）（刘宫人由《长风破浪的姐姐》十四号演员组选手金辰出演）良娣萧氏出身兰陵萧氏，因姿色妖媚而很受李治宠爱，阴狠善妒、经常与太子妃王氏争宠，太子妃王氏以李世民没有病愈为由拒绝饮酒赏月，良娣萧氏就要求大操大办、结果被李治斥责并制止。（良娣萧氏/萧淑妃由《长风破浪的姐姐》十一号演员组选手王紫瑄出演）第3部分，李世民驾崩、李治登基为帝，武则天被遣往感业寺削发为尼、陷入人生低谷，许多李世民嫔妃绝食甚至直接服毒、上吊自杀，其中不乏与武则天交好者，而好友徐惠绝食而死、更是给了武则天很大的刺激；与此同时，李世民非常宠爱的高阳公主高调前来感业寺做法事，对父亲生前的嫔妃很是不敬，也刺激到了武则天，从徐惠那里学会作诗的武则天写了一首《如意娘》：看朱成碧思纷纷，憔悴支离为忆君。不信比来长下泪，开箱验取石榴裙。（高阳公主由丽亚娱乐的阿娜尔汗出演，在《武曌传》中其记载不详的生母被设定为西域胡姬）这首诗打动了李治，李治也前来感业寺做法事、好与武则天相遇，两人相认并互诉离别后的思念之情，甚至在感业寺来了一场鱼水之欢......在宫中得知此事的王皇后，为了与萧淑妃争宠，来感业寺做法事、让宫人郑氏密令武则天留发，主动挑明并且同意了李治把武则天接入宫中的想法、让武则天帮自己争宠；这里编剧还插入了一场戏，为王皇后办事的宫人郑氏希望见一见自己亲生的儿子李孝，被王皇后安排宫女牵出来、让宫人郑氏看了几眼就牵走，宫人郑氏跪谢王皇后、出殿后泪流满面。（郑宫人由《长风破浪的姐姐》十二号演员组选手袁姗出演）而出场的高阳公主实际上是《女皇》的第一位单元女主角，编剧把她写成了房遗爱谋反案的主谋：高阳公主把丈夫房遗爱、右武卫大将军薛万彻（通过其妻丹阳公主）、太仆少卿柴令武（巴陵公主）、左骁卫大将军执失思力（九江公主）等人联合起来，密谋拥立李治叔父荆王李元景（其女嫁给了房遗爱弟弟）为帝；编剧还把高阳公主与玄奘高徒辩机私通一事改了时间，由辩机为高阳公主与丹阳公主、巴陵公主聚会提供场地，为高阳公主向各方传递信息，而丹阳公主、巴陵公主也被写成了重要同谋，她们的丈夫都成了配角。（玄奘高徒辩机由海蓝经纪签约的一个短视频网红许令龙出演）（丹阳公主由《长风破浪的姐姐》一号种子选手宁净出演）（巴陵公主由《长风破浪的姐姐》十五号演员组选手王欧出演）（荆王之女由《长风破浪的姐姐》十七号演员组选手沈梦晨出演）编剧通过房遗爱谋反案展现了《武曌传》中李治即位之初的朝局：李勣负责军事、为武官之首，程知节为李勣副手，此外还有江夏王李道宗、裴行俭、薛万彻、执失思力等大将，以及退休在家的尉迟敬德；长孙无忌负责民政、为文官之首，褚遂良为长孙无忌副手；此外还有担任过李治东宫属官的于志宁、张行成、高季辅、许敬宗，高士廉之子高履行、出身于“七姓十家”之一博陵崔氏的崔敦礼，出身官宦之家的韩瑗、来济，出身鲜卑的宇文节，以及李治皇后的舅父柳奭为相。