第6部分，得到关键证据的长孙无忌发起了房遗爱谋反大案，将高阳公主及房玄龄之子房遗爱、丹阳公主及薛万彻、巴陵公主及柴绍之子柴令武、九江公主及执失思力、荆王之女及荆王李元景通通抓捕下狱；除此之外，野心勃勃的长孙无忌还趁机把敌对的宇文节、吴王李恪、江夏王李道宗，以及想要与他们联合的保皇派张行成、高季辅也给抓捕下狱，令李治又惊又恐！在这一关键时刻，武则天站了出来：她建议李治把王皇后打发出宫、去找王皇后的舅父柳奭进行联络，又把萧淑妃打发出宫、去找萧瑀一派的文武官员搞清情况，然后又让陈硕贞出宫去找崔义玄和房仁裕、让崔房二人去打探消息，自己则留在李治身边；在武则天的帮助下，李治很快恢复了冷静，将保皇派的于志宁招入宫中，于志宁将张行成、高季辅的独走告诉了李治，而王皇后也从她的舅父柳奭那里带回了消息——长孙无忌要将张行成、高季辅牵连进此案！李治派于志宁去和长孙无忌进行谈判，先是说要保宇文节、李道宗、张行成、高季辅，以张行成、高季辅为底线，最终保下了张行成、高季辅二人；然而李治没有料到的是，长孙无忌暗中让牢中的狱吏对张行成、高季辅下了狠手，张行成、高季辅回到家不久，就“病死”家中，让保皇派失去两位重臣！经此一案，荆王派被长孙无忌连根拔起，宇文节、李道宗等政敌也被打击：李元景抱着儿子李则痛哭流涕，一起饮下了朝廷赐的毒酒；李恪不愿意饮毒酒，拔剑自杀，临死前依然在痛骂长孙无忌、以及软弱无能的弟弟李治；柴令武出逃至华阴县，在官兵的包围下拔剑自刎，尸体被追击的官兵砍了好几刀；房遗爱得知谋反事败露后，喝得烂醉如泥，被前来抓捕的官兵直接砍掉了脑袋；薛万彻在引颈就戮大喊“留着我为国家效死，岂不比连坐而死好！？”

，刽子手被吓到了、第一刀没有砍准，薛万彻又大喊“何不用力！？”

，被吓到的刽子手连砍三刀才砍下薛万彻的头颅；柴令武的兄长柴哲威、宇文节、李道宗等被流放，其中李道宗在半路就被长孙无忌派出的人杀害；执失思力因为背后部族的存在、以及涉案不深，也只是被流放，但是其妻九江公主却不愿意与其一起被流放；不愿被流放的九江公主，与高阳公主、丹阳公主、巴陵公主、荆王之女一起狂欢到半夜，然后一起纵火自焚......就这样，《女皇》的第一位单元女主角高阳公主下场了，她的死提醒了武则天政治斗争的残酷。第7部分，大获全胜的长孙无忌，将长孙派的高士廉之子高履行、韩瑗、来济提拔为相，与褚遂良一起掌握了朝政大权，又让裴行俭接替了李道宗的军权。而李治则改三日一朝、为一日一朝，要求在京九品以上、在外五品以上的文武百官都要经常进言劝谏，每天都召见十几个地方刺史、向他们询问民间的情况；除此之外，李治还在李勣的推荐下，提拔重用了薛仁贵和苏定方两位大将——让薛仁贵护驾左右负责保护自己，苏定方则前往河南道的登、莱诸州整军备战，以执行武则天提出、李勣和李治完善的先剪除高句丽羽翼百济之策。为了报复王皇后，武则天装作不知此事的背后是王皇后舅父在捣鬼、把王皇后请来做客，让王皇后看自己刚生下来一个月的安定公主、而知道此事的王皇后因心虚就答应了武则天的邀请；与一子二女的萧淑妃不同，王皇后没有子女、只抱养了两个儿子，故而非常喜爱安定公主、逗弄了安定公主很久，暗中观察的武则天在王皇后走后、居然亲手掐死了自己的女儿安定公主，并且嫁祸给王皇后！王皇后既惶恐不安、又非常憎恨武则天，居然与其母柳氏秘见巫祝、想要用“厌胜”之术咒杀武则天，但武则天早已买通了、不善待下人的王皇后手下的宫人郑氏，让宫人郑氏告发了王皇后；李治得知王皇后在“害死”武则天的女儿后、居然想用厌胜之术咒杀武则天，勃然大怒，下诏禁止王皇后的母亲柳氏和舅父柳奭进宫，并且罢免了柳奭的相位，把前来求见的王皇后挡在殿门外；而长孙无忌因不满柳奭背着他指使新上位的韩瑗、来济，没有阻止此事，反而提拔了博陵崔氏的崔敦礼为相——他没有意识到，这样一来他与宫中失去了一条重要的沟通渠道。