吕布离去之后，王允请仆射士孙瑞、司隶校尉黄琬商议。孙瑞道：“最近圣上新患疾病，可以派一个能言善辩之人，前往郿坞请董卓回宫商议政事；另一面请天子密诏交给吕布，在宫门之内安排伏兵，等董卓入宫之时杀掉，大事可成。”

黄琬道：“可以派谁前去呢？”

孙瑞道：“吕布同郡骑都尉李肃，因为董卓一直没有重用升迁他，所以心中常怀怨恨。如今让他前去，董卓肯定不会有疑心。”

三人商议决定，请吕布前来，诉说一番。吕布道：“当初劝我杀了丁建阳的就是李肃，他如果敢不去，我先杀了他。”

便派人将李肃请了过来。吕布道：“当初先生劝说我杀了丁建阳转而投奔董卓，如今董卓上欺天子，下虐生灵，罪恶贯盈，人神共愤。先生可以去郿坞传天子诏书，宣董卓入朝，埋伏士兵诛杀反贼，匡扶汉室，同为忠臣，不知道你的看法怎么样？”

李肃道：“我也早就打算除掉这奸贼了，只恨没有能共谋大事的人。如今将军在此，真是天赐良机，李肃敢有二心！”

于是折断箭矢发誓。王允道：“先生如果能干成此事，何愁不被重用升官。”

李肃带了数十护卫前往郿坞。听到天子有诏，董卓对李肃问道：“天子有什么诏书？”

李肃道：“天子大病初愈，想要召集文武百官一同前往未央殿，商议禅位于太师。”

董卓心中一喜道：“王允的意思怎么样？”

李肃道：“王司徒已经派人搭建受禅台，只等主公你去了。”

董卓大喜道：“我昨天晚上梦到一条巨龙笼罩我的身上，今天就得到这个好消息。机会不可错失！”

便命心腹将李傕、郭汜、张济、樊稠四人领飞熊军三千守郿坞，自己即日排驾回京。董卓对李肃道：“等我登基为帝，就封你为执金吾。”

李肃连忙拜谢。董卓辞别老母，时年其母已经九十多岁，问道：“儿子要去哪里啊？”

董卓道：“儿子要去京城受汉献帝禅让，母亲晚些就是太后了！”

董母道：“最近我总是心惊肉跳，恐怕不是什么好兆头。”

董卓道：“你就要当太后了，没预料到肯定会吃惊的！”

于是辞别母亲而走。临行前对貂蝉说：“我马上就要当天子了，之后便立你为贵妃。”

貂蝉猜到其中的蹊跷，假装欢喜。董卓坐车离开郿坞，前呼后拥，朝着长安进发。还没有到长安，忽然车轮断了一个，董卓便骑马前行。董卓对李肃道：“路中车轮断了，不知道是什么征兆？”

李肃道：“这正应了禅让之礼，弃旧换新，马上就要换成天子车驾的征兆。”

董卓大喜，又见狂风大起，风沙遮天蔽日。李肃连忙道：“主公即将登位，必有异样天象，以壮天威。”

到了城外，百官全都出城迎接，只有李儒因为生病，没有迎接。董卓走到相府，吕布拜下祝贺。董卓道：“我登基为帝，你便掌管天下兵马。”

吕布拜谢。次日清晨，董卓入朝进宫，群臣都穿着朝服，在道路两边相迎，李肃手持宝剑跟随。到了北掖门，士兵都被挡在门外，仅剩驾车二十多人一同进入。董卓见到王允等人手持宝剑站立在殿门，大惊忙问李肃道：“他们都手持宝剑，是何用意？”

李肃也不应答，连忙将董卓车马推了进去。王允大喊道：“反贼在此，武士何在？”

两旁冲出百余武士持枪刺杀。董卓内穿宝甲，没有刺进去，手臂受了点伤，跳下马车大喊道：“我义子奉先在哪？”

吕布从车后面走出厉声道：“奉旨讨贼！”

一戟插入喉咙之中，李肃将董卓的头割了下来。吕布左手持戟，右手从怀中取出诏书，大喊道：“奉旨讨贼董卓，其余人等一概无罪。”

文武百官全都跪倒山呼万岁。吕布继续道：“李儒是帮助董卓为祸朝廷的人！谁敢去抓他？”

李肃应声要去。就听到门外传来喊声，原来李儒的家奴已将李儒绑了过来。王允让他们绑着李儒去往集市处斩；又把董卓的尸首铺在大路上。士兵将在他肚脐上点火烧了起来。王允又命令吕布带着皇甫嵩、李肃带兵五万，去郿坞查抄董卓家产、人口。李傕、郭汜、张济、樊稠听到董卓已经死了，吕布又带兵前来，便带领飞熊军连夜奔凉州去了。吕布到了郿坞，先接出貂蝉。皇甫嵩将郿坞中所劫掠来的平民子弟尽数释放，但董卓的亲属，不分老幼，全都斩尽杀绝。董卓母亲、董卓弟弟董旻、董卓侄董璜全被斩首。收缴黄金数十万，白金数百万，绮罗、珠宝、器皿、粮食，不计其数。王允得报，犒劳军士，召集众官，大排筵宴。正在宴席中，忽然有人报道：“董卓暴尸在路上，忽然有一个人趴在尸体上大哭。”

王允怒道：“董卓被杀，百官百姓没有不高兴的，是谁在哪哭啊？”

命武士将他擒来。须臾武士拿着侍中蔡邕过来，王允呵斥道：“董卓逆贼，如今被斩，国家的幸事，你既然身为汉臣，不为国欢庆，反而为贼哭丧，为什么呢？”

蔡邕伏罪道：“蔡邕虽然不才，但也知道大是大非，怎么会背弃国家偏向董卓呢？只是因为一时有感念知遇之恩，不觉哭了出来，自知罪孽深重，请先生见谅。愿意领黥面削足的刑罚，续写汉史，救赎我的罪责。”

百官珍惜蔡邕的才华，纷纷出言相救。太傅马日磾悄悄对王允道：“伯喈旷世才华，如果能续写汉史，确实是一桩美事。而且他的孝行素来有名，如果杀了他，只怕会失去民心啊。”

王允道：“当年汉武帝不杀司马迁，让他记录历史，结果诽谤他的史书流传于后世。如今国运衰微，朝政错乱，不能让佞臣执笔陪伴幼主身边，让我们无端蒙上非议”马日磾不再说话，退出后和百官私下议论道：“王允不会有发展！有才能的人是国家的榜样；史书是国家的经典，如今毁掉榜样废除经典，还能有发展么？”

当下王允便命令蔡邕捉下天牢，自缢在狱中。另一面，李傕、郭汜、张济、樊稠逃到了陕西，派人上长安写信投降希望能赦免他们。王允道：“董卓之所以嚣张跋扈，全都是这四个人的助力。如今虽然大赦天下，但独独这四个人不可赦免。”

李傕道：“既然不肯赦免我们，只好各自逃生去了。”

谋士贾诩道：“各位大人如果抛弃大军，独自逃生，只需要一个亭长就可以把你们抓到。不如召集陕西百姓和本部兵马，杀入长安为董卓报仇。事成的话，可以进奉朝廷，向天下正自己的名声；如果失败，再逃跑也不迟。”

于是李傕对西凉士兵道：“王允想要将我们所有西凉人赶尽杀绝。”

士兵全都很害怕。李傕继续道：“如今左右都是去死，有愿意跟随我进京平反的么？”

士兵纷纷表示愿意跟从。李傕聚集了十多万人，分为四路进攻长安。路上刚好碰到董卓女婿中郎将牛辅，带着五千人马打算为丈人报仇。李傕便和牛辅一起进军，让牛辅担任先锋。王允探听到西凉兵杀来，与吕布商议退敌之策。吕布道：“司徒请放心，这些鼠辈，不足为惧！”

于是带着李肃出城迎敌。李肃担任先锋，与西凉军迎战。正遇上牛辅，两人战在一处。牛辅渐渐不敌退败而去。不想当晚二更时分，牛辅趁李肃不备偷袭营寨。李肃大军乱作一团，后退三十多里，士兵死伤大半。吕布大怒将李肃军法处置，头颅绑在军营门上。次日，吕布和牛辅对战，这牛辅哪里是吕布的对手，仍然大败而回。当晚，牛辅对心腹胡赤儿道：“吕布骁勇，很难是他的对手，不如瞒着李傕四人，携带金银珠宝，带亲随三五人弃军离去。”

胡赤儿于是安排金银珠宝，弃营逃跑。逃出大营之后，胡赤儿贪图财宝，竟然杀了牛辅，拿着牛辅首级献给了吕布。吕布问明情况，觉得胡赤儿是个无情无义之人，便命手下斩了他。吕布带领大军继续前行，正好迎上李傕兵马。吕布不等李傕摆开阵势，便挺戟跃马，麾军直冲过来。李傕大军难以抵挡，连退五十里才依靠山势险要安营下寨。李傕和郭汜、张济、樊稠商议，道：“吕布虽然骁勇，可是没有谋略，不足为虑。明日我带兵守住山谷入口，每日诱他出兵厮杀。郭将军可以带领一队人马绕到他的后方，效仿彭越骚扰楚国的战术，敲锣出兵，擂鼓收兵。张济、樊稠两位先生，兵分两路，直取长安。到时他首尾不能相救，必然大败。”

吕布带领士兵到了山下，并不前行。此时李傕带兵挑衅。吕布大怒冲了过去，李傕忙退兵上山。山上士兵射箭投石，吕布没有办法追击。郭汜突然在队伍后方杀了过来，吕布急忙回头迎战。等到队伍调整过来，只听鼓声大震，郭汜带领士兵已经撤退。吕布刚想要收兵回营。李傕又领兵前来，没等到交锋，背后郭汜又领兵前来，等到吕布来的时候，又擂鼓收兵了，气了吕布暴跳如雷。一连几天都是如此，想要对战也不行，想要撤退也不行。正在烦恼的时候，突然飞马报来，张济、樊稠两路军马进犯长安，京城危急。吕布也顾不得此地战事，只好撤军回援，导致损失了一些人马。等到了长安城下，张济、樊稠已经安营扎寨，围住城池。军中士兵都觉得吕布暴虐残忍，战意不足，一时间难以拿下反叛贼兵。长安城中，董卓余党李蒙、王方在城中为内应，偷开城门，让李傕、郭汜、张济、樊稠四路人马一起攻进城中。吕布左冲右突，阻挡不住，只好带领着数百精骑往青琐门外，招呼王允道：“现在情势危急！请司徒上马，一同逃出关去，日后再图谋良策。”

王允道：“我的心愿就是老天保佑让国家安宁，如果国家混乱，我一定会以身赴死。如今碰到危难，我是不会逃走的。帮我谢谢关东诸位先生，为了国家再努力一番！”

吕布再三相劝，王允只是不肯去。没一会，四处大火烧了起来，吕布只好先带领众人逃出长安，投奔袁术去了。