自从阿空和比丘兽被分子兽抓走后，太一等人就讨论如何去救回阿空的计划。分子兽空间这时阿空醒了过来，看到比丘兽被挂在墙上，然后就叫醒比丘兽，但是却发现自己被所在一张铁床上。而这时分子兽也注意到了这里的情况，然后道：“比丘兽只是晕了过去而已，我还打算用它来打败猿猴兽呢。”

阿空道：“打败猿猴兽？真不好意思，没有我比丘兽是不能进化的。”

分子兽道：“我从来没有打算要利用你。”

说完分子兽就在另一张铁床上开始复制出另一个‘阿空’。分子兽一边操作着一边道：“你们还没有完全可以激发徽章的力量，所以我要利用这个复制品把力量完全激发出来。”

阿空大怒着道：“那么就是说我的徽章是你拿走的对吧？你自己打不过猿猴兽，还要利用别人的力量，这你不感觉得很无耻吗？”

分子兽反驳者道：“我曾经和猿猴兽战斗过，几乎丧失了所有的记忆，而我失去的记忆却再也找不回来了，而我现在能做的就是向猿猴兽复仇，不管是用什么样的手段。”

与此同时，太一决定要兵分两路。一路是由太一，光子郎，美美组成的去救阿空，而另一路是由大和，阿丈，阿岳组成是负者引开猿猴兽的注意的。太一道：“目前对于我们来说，救出阿空是非常有必要的，而至于现在能不能打倒猿猴兽都不重要。”

v仔兽道：“所以，我们不能浪费在非必要战斗的时间。”

最后在太一三人出发前，太一对大和道：“如果你们遇到猿猴兽就快点逃跑，因为我不想在救出阿空以后没有了你们这些伙伴。”

哥玛兽进化——海狮兽！！！加布兽进化——加鲁鲁兽！！！巴达兽进化——天使兽！！！于是，拯救阿空的战斗正式打响了，海狮兽在远处接连几次发射鱼叉机关炮，轰向猿猴兽的基地，接着，猿猴兽就派出他们的那些成熟期的杂兵，来攻击海狮兽，随后，加鲁鲁兽就利用加鲁鲁冲锋把那些杂兵引开了，而这时猿猴兽也已经出来了，天使兽见状就挥着天使之杖跟猿猴兽大气近身战。太一三人也趁着这个时候再次潜进金字塔。当太一等人，通过了隐秘通道后，不久就到了之前，与猿猴兽发生的战斗而坍塌的道路，被迫走出去了。而在监控室里的加支兽所发现了。十分钟后，太一三人也到达了上次分子兽外层的铁网。分子兽空间的第二层分子兽感叹道：“真是感觉敏锐的孩子，竟然那么快就发现我在这里。”

阿空道：“我一直都相信，太一他们一定会回来救我的。”

分子兽道：“因为在外面发生战斗的缘故，有人闯进来了，但是我可不能被干扰。”

监控室加支兽（a）道：“果然是被选召的孩子们。”

加支兽道：“什么时候的事？”

与此同时，猿猴兽对着加鲁鲁兽跟海狮兽，还有仍有余，但是在对战天使兽的时候，就被打得无法放出黑暗死灵球，猿猴兽道：“你们一个个都出现了，那么其他人呢？”

大和道：“这你就不要管了。”

就在猿猴兽打得正焦灼的时候，准备拉开距离释放爱心光线。这时加支兽（a）拿着喇叭向着猿猴兽报告着道：“不好了，猿猴兽大王，其他被选召的孩子闯了进来了。”

猿猴兽道：“原来如此，分子兽还在金字塔里面。”

天使兽见此趁机使出天堂之拳，便带着大和他们，暂时撤退了。而这时太一三人也来到了上次分子兽的空间外面了，光子郎道：“往前面右转就到了，那里就是真正的分子兽房间的地方。”

这时，猿猴兽也赶了回来，美美道：“太一，就出阿空就拜托你了，巴鲁兽进化吧。”

太一道：“光靠你们怎么能拦住猿猴兽？v仔兽你也进化去帮助他们吧。”

甲虫兽进化——比多兽！！！v仔兽进化——v龙兽！！！巴鲁兽进化——仙人掌兽！！！然后，太一就对着亚古兽道：“我们走吧，亚古兽。”

而猿猴兽想追着太一去分子兽的时候，却被三兽拦住了。当太一跟亚古兽来到了，第二层电网时，太一想：这后面就是分子兽真正的房间，而那房见下面却正是那些黑暗电缆的总枢纽。这时亚古兽道：“太一要不，我先过去吧。”

太一听完了亚古兽说的话后道：“不，这次我先过去，因为在那里有着我重要的人，需要我。”

亚古兽道：“加油，太一拿出你的勇气来。”

当太一听完了亚古兽的话后，就毅然的独自一个走了过去。而这时太一发现自己的勇气徽章发光了，而这也意味着，亚古兽能够超进化了。而这时猿猴兽与v龙兽他们混战在一起滚了进来。亚古兽进化——暴龙兽！！！暴龙兽道：“太一，快趁现在进去，而我去帮助v龙兽他们。”

太一低了点头后就，走进了分子兽的房间。太一一进到分子兽的房间时，一看到那个复制品的‘阿空’，就差点走了过去。这时阿空道：“太一，那个是假的。”

太一瞬间就明白了，一个冲刺就抢会了阿空的数码暴龙机，以及爱心徽章。接着，分子兽大怒道：“你居然破坏了我的计划，那么。。。”

原本锁着阿空的铁床一下就变成了大洞，而太一就跑了过去拉住了阿空。这时。分子兽道：“要么交出神圣计划，要么等着她被消灭吧。”

比丘兽进化——巴多拉兽！！！巴多拉兽一个红莲振翅，就打飞了分子兽。然后就搭着太一他们飞了出去。这时，太一道：“各位快撤出去吧，快点。”

这时，猿猴兽将麻烦找上了分子兽。猿猴兽道：“分子兽你居然在这种地方玩起人偶？而且又让那些人类跑掉了，但是我现在要收拾你。”

分子兽却一点都不想鸟他，然后就将那个原本的空洞继续扩大。分子兽拉着猿猴兽道：“你也一起来吧，猿猴兽。”

猿猴兽怎么甩都摔不开，接着分子兽朝着黑暗光缆发射了插头炸弹，顿时那团黑暗光缆产生了巨大的黑暗能量，而这些能量还伴随着巨大的吸力。这时沙漠上原本属于猿猴兽的杂兵，都被这强大的吸力吸了进来。接着，猿猴兽也跟着分子兽掉了下去，但是猿猴兽却开始异变进化了。猿猴兽异变进化——混沌猿猴兽！！！当混沌猿猴兽进化完成后，整个金字塔也破碎了。而太一也运用起数据之眼，看着混沌猿猴兽的属性。但是什么也看不出来。出了这句话；混沌猿猴兽拥有强大得足以扭曲空间的暗黑力量，他的超强暗黑力量能够造成空间发生坍塌的黑洞效应，而他的必杀技则是黑暗死灵球的强化版——黑暗死灵球的恐怖力量可以直接扭曲了周围空间！混沌猿猴兽直接就是一手一个黑暗死灵球乱丢，将四周都被打的空间扭曲起来。而比多兽跟巴多拉兽分别释放出米加巨炮，陨石巨翼，但是一点效果都没有，而且还被混沌猿猴兽的黑暗光缆给吸收了。太一见此情况，让暴龙兽和v龙兽去阻止他。但是却被混沌猿猴兽的黑暗死灵球给砸趴下，最后太一用他自己的数码暴龙机来激发了勇气徽章的力量。因此暴龙兽得到了超进化。暴龙兽超进化——机械暴龙兽！！！机械暴龙兽身体一半以上机械化的改造型数码兽。文件岛的金属暴龙兽通过改造可以大幅增长生命活动，但肉体部分却无法忍耐而变为蓝色。不过，完全的金属暴龙兽却从暴龙兽成功进化，是激发出更强大力量的改造型数码兽。为了进化为金属暴龙兽，必需打倒来袭的强敌，获胜到底。另外，据说金属暴龙兽的攻击力足以匹敌一颗核弹头，受到这样一击的低等级的数码兽会一点痕迹都不剩地被消灭。必杀技是强化后的时之数码合金制的「三叉戟臂」，以及从胸部的舱口发射的有机系导弹「千兆破坏炮」。另外还可以从胸部的发射口喷出的高热能量波「千兆风暴」。混沌猿猴兽道：“就只进化那么一点是无法打败我的，黑暗死灵球”太一道：“上吧，机械暴龙兽。”

机械暴龙兽一个三叉戟臂就劈开了黑暗死灵球，然后，机械暴龙兽用了他的金属版的伟大之角，一下子就将混沌猿猴兽顶开了。混沌猿猴兽道：“可恶，看完怎么把你踩得粉碎。”

这时，机械暴龙兽忽然全身发出闪亮的白光，然后就打开了胸部的发射窗口然后汇聚着能量，接着，机械暴龙兽就释放出千兆风暴，而v龙兽也见状吐出v箭吐息。最后，机械暴龙兽又发射了一对千兆破坏炮，结果将混沌猿猴兽给炸成数据消散了。但是，在混沌猿猴兽身上所产生的爆炸，也出现了一股巨大的扭曲吸力，将太一、v龙兽以及机械暴龙兽都给吸走了。当恢复了一片平静后，美美跟阿空率先反应过来太一不见了。而太一一人两兽则回到了现实世界，而他所处的地方正是樱花国的东京御台场。