吕宋，也就是今天的菲律宾，它自古与我国隔海相望。从宋朝时期开始，沿海的华人就大量移居到这里，建立了华人社区。随着大航海时代的到来，西班牙乘船到达吕宋，并逐渐占领了整座岛屿，建立了马尼拉城进行统治。西班牙人将此岛以国王菲利普二世的名字命名，被称为菲律宾。一开始，西班牙人与华侨相安无事，相处还算友好。但是随着大海贼林凤的到来，一切都扭转了。原本，林凤是盘踞于中国沿海的海盗，为祸甚久。随后，林凤受到明朝水师的猛烈打击，被迫离开在台湾的老巢，逃亡菲律宾。当时林凤手下有上万海盗，于是就觊觎起西班牙的菲律宾。之后，林凤派兵攻打马尼拉，但因为西班牙人已经有所戒备，所以没有成功。林凤攻打马尼拉后不久，西班牙人又迎来一支中国舰队，但是这次来的是大明的水师。原来，这些明军是尾随林凤而来，并不想攻打西班牙，而这也让疲惫的西班牙人好好地舒了一口气。经过交谈，明朝和西班牙发现他们竟有共同的敌人，于是两国便初步建立合作关系，明朝雇佣西班牙人攻打林凤。当然明朝人自己也没闲着，他们拿着万历皇帝的印信在吕宋岛就地征兵。天朝就是天朝，虽然吕宋岛被西班牙人占据已久，但是明朝皇帝的印信仍有巨大力量，不一会儿就从吕宋人手中征集了5000兵马。明朝在吕宋岛的强势，很快引起了西班牙人的戒心。在当地，西班牙只有1200人，而华侨就有数万人，如果华侨和明朝里应外合，这块地肯定占不住了。于是，西班牙人磨刀霍霍，准备对华侨们动手了。在明政府和海盗林凤的双重刺激下，杀遍欧亚非的西班牙强盗终于对华侨动手。他们造谣说华侨和明政府勾结，要攻打吕宋，于是将大炮架到华侨们的驻地，将华人做生意的市场轰成白地。在西班牙人的欺压下，华人们愤而起义，聚集上万人与西班牙人作战。然而西班牙人早有准备，他们联合当地的邦牙牙人和800日本人围攻起义华人，用炮轰，用枪杀，用剑砍，杀得当地华人血流成河。据史书记载，当地华侨被杀害了两万五千名，仅余300口。要注意的是，在杀中国人方面，日本人和菲律宾人杀得最起劲，连西班牙人也为他们的残忍而害怕。做了如此骇人听闻的事后，西班牙人却如惊弓之鸟。他们这样屠杀华人，明朝会不会派兵报复呢？如果是荷兰、葡萄牙等国的国民被如此残杀，一定会进行报复，西班牙人满以为明朝会派兵为华侨讨回公道。于是，很多西班牙富人乘船逃离了菲律宾，前往墨西哥安家。然而令西班牙人感到意外的是，对于华侨的死，当时的万历皇帝毫不在意。原来对于朝廷来说，只有待在国内的才叫同胞，出了国就成了乱民。他们无论受到什么欺侮，都不关朝廷的事。对于这些华侨的死，万历皇帝甚至要幸灾乐祸。仿佛在说：“看吧！这就是离开我的统治范围的后果！”

然而明朝万历皇帝还是起草了一封诏书《谕吕宋檄》，“斥责”屠杀华侨的西班牙人，要他们不要再行如此不人道之事。对于他们的屠杀行为，皇恩浩荡的万历皇帝不忍加诛，“其海外戕杀姑不穷治”，要求西班牙方面“当思皇帝浩荡之恩，中国仁义之大”。更令人齿冷的是，万历皇帝又在文中声称：“中国四民，商贾最贱，岂能以贱民兴动兵革！”

那些在海外的华侨，滞留外国，不返祖国，不祭祖庙，为他们父祖兄弟所共弃。所以，他们是死不足惜，根本无需大明出兵拯救。由此，华侨被明朝开除了国籍。而获知此消息的西班牙人更是有恃无恐，他们怎么也没想到，强大的明朝居然会那么“宽宏大量”！由此华侨们真正成为了俎上鱼肉。三十多年后，也就是1639年，西班牙又进行了一次针对华人的大屠杀。得知菲律宾华侨的悲惨处境后，1657年，坚持抗清的明朝大臣郑成功致函爪哇岛巴达维亚的一名华侨，要求他停止与西菲当局进行贸易。他还提出要率兵攻取菲律宾，以示惩罚。1662年，郑成功攻下台湾后，派人向菲律宾总督下书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，严令其改邪归正。面对郑成功的威胁，早已站稳脚跟的西班牙人早就不害怕了，对当地华人进行了第三次屠杀。，不久郑成功病逝。他的儿子郑经接着治理台湾，并派人同西班牙殖民当局交涉。据说郑经在1670年和1671年两次准备征讨马尼拉，但因各种因素而未能出兵。华侨们就如飘零一样，任由殖民者屠杀。