赣州没有了援助，很快就被满清攻破了，守将万元吉和杨廷麟投水而死。
清贝勒博洛率兵乘胜进攻福建，九月十九日，便攻至福州，从北门而入。城中百姓十留一二，尽皆逃跑，留下的父老各铺羊酒郊迎。贝勒王驻札洪塘沙洲，出谕安民禁兵士毋得入城肆掠。分职任官，悉如旧制。
福州的许多缙绅都遁往山谷避难，只有某部尚书某一人，跪沙中竟日，说要投降满清。
贝勒王博洛听了，冷笑一声，他对忠义之辈敬重，多这些无耻之徒却看都不看一眼，当下令人去驱赶道：“你的官职在明朝太高了，如今清朝不便用你，还是快快离去吧！”
那尚书听了，只有灰溜溜地去了。
此时，郑芝龙率领人马逃至泉州。
他军队一到泉州，立即闭城索饷，要求大户人家出钱。有些不肯出钱的人家，即枭其首，把他家中的妇女老幼绑在庭中。
他这样做，果然收到效果，到了晚上，发财数万。他本来还要命令手下继续抢劫的，突然有探子来报，说清兵将至，于是乃奔安平而去了。
郑芝龙在安平时，楼船尚有五六百艘，军容烜赫，战舰齐备，炮声不绝，震动天地。再加上人马众多，连满清都害怕他，一时间不敢冒然进攻。
清贝勒博洛令与郑芝龙关系最好郭必昌去招募他。
郑芝龙接见了郭必昌，并且告诉他：“我非不忠于清，只是恐怕自立为王，你们会怪罪！”
郭必昌回去告诉贝勒博洛之后，贝勒博洛马上退兵三十里，并且遣内院二人持书至安平，亲自交给了郑芝龙。
郑芝龙展开信一读，见写着：“吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力。力尽不胜天，则投明而事，乘时建不世之功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉？且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾所以欲将军来见者，欲商地方人才故也。”
郑芝龙看了，登时大喜，心想：“闽粤总督，这官职也不错！”当下忙召开郑氏会议，商讨投降事宜。
他原本以为大家伙肯定会答应，哪里知道诸将多有不从。
其中他儿子郑成功痛哭谏道：“父亲，满清乃我不共戴天之敌人，灭我国土，杀我皇帝，岂能投降？再说，受制于人，何如不受制于人？我们能抵挡则抵挡，不能抵挡，还能入海！何必投降！”
“对，对！”
连一向贪生怕死的郑鸿逵也认为郑成功说的有理！
郑芝龙想到自己田园遍闽、广，秉政以来，增置庄仓五百余所，驽马恋栈，岂能轻易抛弃这么多财产？当下道：“你们不知道，大清强大，不可抵挡！又有天命所归，我们抵挡，只会死路一条！至于入海，那生活，你们不是没有过！简直就是野人生活！我们在闽粤地区，有那么多的财产，放着这些财产不要而入海，岂不愚蠢？不如投降，我为闽粤总督，你们为地方官员，大伙一起享受这闽粤之地，有何不好？”
他这样一说，有些将领便被他说动了。
“父亲！坚决不可投降！你不见古有曹真投降司马懿，最终被杀吗？”
郑成功大声说道，他很清楚，父亲要是一投降，不但抗清事业付之东流，连性命都要操持在别人的手中！生死都不由己了！
郑芝龙听了，冷笑了一声，道：“古代的人我不认识，我只知道，吴三桂投降，封为王！洪承畴投降，为总督！我投降，人家说好了封我为闽粤总督，岂能有假？”
“父亲！”
郑成功说道。
“不必再说！跟随我一起去发财的，站左边；不愿意投降的，站右边！”
郑芝龙大声说道。
一时间，大部分站在了左边，小部分人站在了右边。
郑鸿逵按到道理来说，应当会站左边的，但是，他没有，站在了郑成功那一边，道：“我见识过满清的手段，不愿意再落入满清手中！”
“那好，不愿意投降的，你们跟着我儿入海！愿意投降的，跟着我去！”
郑芝龙说着，带领人马，就要前往投降贝勒。
郑成功看着父亲，双眼落泪道：“父亲，你这一去，可就再难见面了！”
“今后你们我相见，可就各为其主了！”
郑芝龙说着，一扬马鞭，快速而去了。
郑成功带领着剩下的人马，道：“走！我们前往厦门！”
郑鸿逵也跟随着郑成功而去了。
十一月十五日，郑芝龙的人马回到了福州，朝见贝勒博洛了。
贝勒博洛一见郑芝龙，满脸笑容，握住郑芝龙的手，高兴地说道：“欢迎我们的闽粤总督！”
郑芝龙听了，就更高兴了，当下和贝勒折箭为誓，更加坚定了投降的意念。
“来人，大摆宴席！”
贝勒博洛说着，和郑芝龙的人马痛饮，一连饮了三日。
郑芝龙的人马个个喝得醉醺醺的，都以为发财在望，觉得投降对了。
哪里知道，到了夜半，贝勒忽然下令拔营捉着郑芝龙等人北去！
郑芝龙的那些手下也被安置别营，不得相见！
郑芝龙这才大惊失色，惊慌不已，连忙叫道：“我要见贝勒爷！我要见贝勒爷！”
他这时菜懊悔不已，早听儿子的话，何至于被人挟持？如今真的生死随人了！
贝勒博洛听见郑芝龙大喊大叫，便道：“押上来见我！”
郑芝龙被押着去见贝勒了。
“闽粤总督，急着见本贝勒，有什么急事吗？”
贝勒博洛笑着问道。
郑芝龙听了，心头火滚，很想开口大骂，但是，现在人为刀俎，自己为鱼肉，只有忍气吞声了，道：“贝勒爷，您这可不厚道了！说好了让我做闽粤总督，怎么把我捉起来了？”
“郑总督，你是总督啊，本贝勒不是一直称你为总督吗？至于捉你起来，不过是要你去见我们皇上而已，让他正式封你为总督啊！”
贝勒皮笑肉不笑地说道。
郑芝龙听了，心想：“不威胁一下他不行了！”当下大声道：“北上面君，乃芝龙本愿，但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何？”
贝勒博洛笑道：“这与你没有关系，亦非我所考虑的问题！”心想：“想用他们来威胁本贝勒，想多了！”
郑芝龙见他不受威胁，当下没法子，只想痛哭，但是，谁会理自己痛哭？这才知道什么是叫天天不应，叫地地不灵！一着错，满盘皆输啊！
他懊悔之极，但是，又一点办法都没有！明明吴三桂等人投降都没事，为什么自己投降就被捉起来？
他哪里知道形势已经发生变化了，满清打下大半个中国，已经不用引诱人投降了，他们直接攻打就可以了；再加上郑芝龙只是海盗出身，在满清哪里，根本不值钱！
郑芝龙被捉起来之后，关押在宁古塔，清廷要求他劝降郑成功。郑芝龙无奈之下，连续给郑成功书信，希望他看在父亲的份上，投降满清，不然，自己只有死路一条了！然后，郑成功并不理会他，没有回信。
清廷见郑芝龙如此无用，便把郑芝龙等投降的郑氏，统统押往柴市砍头了！
郑成功收到父亲被杀的消息后，更加坚定了抗清事业，决定与满清抗战到底！