眼见海汉军的攻势并未因为交战时间拉长而衰减，反而愈发猛烈，清廷上下决战沈阳，歼敌于城下的信心也越来越弱。不少人都开始暗自盘算，要是这一仗打输了又该如何。
满清此时在位的是皇太极的第九子福临,即顺治帝。他在六岁时便继位，现年才十八岁。虽然沈阳之战时他已登基十多年，但皇太极死后一直是被摄政王多尔衮把控朝政，小皇帝也只是名义上的统治者而已。
而海汉发动北伐，正是看准了多尔衮刚过世，和硕亲王阿济格谋乱未遂，清廷发生内乱,顺治还未完全掌握大权的这个空档期。
彼时顺治年纪尚幼,权威未立,在满清内部的影响力还远远比不了皇太极和多尔衮。而实际掌握兵权的各旗旗主，对于这位小皇帝自然也不会百分百地信服。
沈阳城防愈发吃紧，清军损失惨重，于是便开始有人向顺治建言，应当保存实力，放弃沈阳，不要为一城之地耗尽了满清的气运。
顺治本人倒是想血战到底，毕竟这里可是满清都城，在他看来放弃沈阳跟亡国也没多大差别了。但怎奈他手里直接掌控的兵马数量其实有限，绝大部分作战行动仍然只能依赖于八旗各部的武装力量，如果各旗都不愿再战，那他总不能自己上战场去跟海汉人拼命。
于是到了这个阶段，清军阵营中开始显现出各种怪现象。在作战中互相推诿责任，借故避战，见死不救甚至落井下石者频频出现，让清军的作战效率越发低下,战斗意志也大受影响。
一些走折中路线的汉人文官也开始向顺治建言,既然战局危急,应立即与海汉展开停战和谈，来换取缓冲的时间。
和谈派比弃城派稍好一些的地方是，他们并未提及放弃沈阳，而是希望通过谈判，来保住满清对沈阳的控制权。至于为此要付出怎样的代价，和谈派都是模糊言辞，不愿主动提及。
毕竟古今往来，战败者想通过谈判获得和平，无非是投降称臣、割地赔款这些被动选项，真要把话说得太明白了，小皇帝碍于颜面，也未必肯接受以谈判的方式解决当下危机。
顺治权衡再三，也觉得和谈可能是这时候最为可行的解决方案了。不过谈判这事，他可信不过那些只会夸夸其谈的汉人文官，最终还是授权给自己的叔父济尔哈朗，让他率领熟悉海汉情况的平南王尚可喜、靖南王耿继茂，去与城外的海汉军展开和谈。
拥有战场优势的海汉见对方主动送上门来，那自然是狮子大开口，开出了一系列的条件。
首要条件便是清廷必须无条件向海汉公开投降,并且立即解散八旗武装力量,停止一切针对海汉的敌对行动。
其次，满清需向海汉割让包括辽河平原在内，原大明辽东都司所辖的全部区域。当然了，这个区域中也包括了沈阳城在内。
最后，才是涉及战争赔款及战后双边关系的内容，其中还包括了遣返原籍在辽东都司辖区内的汉人民众，向海汉开放贸易市场等内容。
这几项停战条件任选出一条来，也很难让清廷接受，更别说叠加在一起了。不过海汉本就没指望对方能够一口答应下来，只不过是为谈判多制造一些筹码而已。只要谈判这个口子开了，对方继续死战的意愿自然也会被削弱。这次双方谈了七天都没能达成一致意见，于是又接着开战。
就这样打打停停，停停打打，中间又穿插了几次谈判，进展依然不甚理想。直到海汉军在战场上接连取得几场大捷，重创了清军为数不多尚有战斗意志的几支部队，满清内部意识到时日无多，继续交战只有城破国亡这一个结局，于是便又一次回到了谈判桌前。
“这次济尔哈朗可就老实多了，除了一些细节问题，接受了我们所提出的大部分条件。与满清签订停战协议那日，在下也有幸在场旁观，那些鞑子全都是一副吃了屎的表情，我到如今还记得一清二楚！”孙真说起当时情形，仍是不免眉飞色舞，十分兴奋。
陈一鑫也补充道：“沈阳之战虽然打得非常艰苦，但总算是得到了一个比较圆满的结果，也让辽东持续二十多年的战事暂时告一段落了。”
白克思道：“我看过送回三亚的停战协议原件，上边虽然盖了顺治的印章，但实际签字的人是济尔哈朗。这个停战协议对满清而言可谓是丧权辱国，谁签谁背锅，想必这济尔哈朗后边的日子不会好过了。”
陈一鑫点点头道：“其实从顺治让济尔哈朗全权负责谈判事宜那时候开始，他就已经成了替罪羊。但这是没办法的事，要结束战争，总得有人出来扛下责任，但这个人绝不能是皇帝本人。顺治明白这一点，济尔哈朗也明白。所以谈判结束后，济尔哈朗就主动辞去了所有官职宣布退休，后来就很少再有他的消息，去年已经病死了，还不到六十岁。顺治还专门为此诏令休朝七天，并且为他立碑记功，可见还是感念他所作出的牺牲。”
按照双方所达成的停战协议，清军主动撤离了南边防线已经告破的沈阳城，而海汉军在此期间没有进行追击。清军遵守协议没有对沈阳城内房屋设施进行破坏，所以皇城建筑基本都保持了原本的风貌，只是各种金银细软，也还是被清军悉数带走了。
陈一鑫和孙真说起当时战况，似乎海汉军一直占据优势。但沈阳一战持续了百日之久，这在海汉军战史上是绝无仅有的一场漫长的攻城战，也可见当时战况之胶着。
海汉军虽然占得上风，并且取得了最终的胜利，但其间参战部队也付出了上千人阵亡的代价。以海汉军的标准而言，就只能算是惨胜了。只是当时国内的宣传着重突出攻克沈阳，逼降满清的重大意义，却大多避过了这一战的投入和损失不提。