接下来就是正派和反派的大战，阿波罗的实力和萨隆是不相上下，最后两个人又是同归于尽，各自用出了自己的大招，两股能量碰撞在一起，伴随着剧烈的爆炸声响起，银河之星也消失在了茫茫的宇宙之中。
而阿波罗和萨隆也从此消失在了宇宙中，没有人找到他们的尸体，也没有人见到他们再次出现，这之后有的星神陷入了沉睡之中，而其他的星神开始寻找各自的领袖。
直到241年后的蓝星，主角迪路带着自己的两个同伴小安和瑶瑶，偷偷驾驶着飞机出来玩，因为驾驶的飞机技术还不成熟，在半空中坠落，却出人意料地得到了银河之星。
在这一过程中，他们还结识了飞船驾驶员莉莉，莉莉也是妥妥的童年女神了，不仅有着天使的面孔，而且还前凸后翘，只可惜那时候不懂，只知道看这几个铁皮机器人了，根本就没有注意到这样的美女存在。
拥有着银河之星的迪路，阴差阳错利用银河之心的力量唤醒了第一位宇宙星神，也就是宇宙星神的主角盖亚。
原来百年之前的盖亚还是很强的，甚至可以和邪星神打个不相上下，但沉睡的时间太久了，导致现在的盖亚实力大打折扣，甚至打个小兵都非常的困难。
刚刚唤醒了盖亚，萨隆的手下就赶到了这里，首先出场的反派是阿奴比，也是最弱小的一个反派，只比普通的小兵强那么一点，他也是卡洛斯的手下，目的就是要抢夺银河之星。
阿奴比虽然是反派里面最弱小的一个，但就算是这样，盖亚战胜的也很艰难，经过一番苦战之后，盖亚才暂时击退了阿奴比。
这之后，盖亚向敌路等人说明了世界的来龙去脉，迪路也是十分的爽快，直接就相信了盖亚的话，甚至都没有一丝的怀疑，最后甚至要直接就把银河之星还给盖亚。
但是盖亚犹豫了一下，并没有伸手接过来，这并不是盖亚不想要，他原本就是为了寻找银河之星的，只不过是这部动漫里的一个设定问题。
原来银河之心蕴含的光明与黑暗的力量，但是里面的黑暗力量同样非常强大，如果宇宙星神直接接触，意识就会被其中的黑暗侵蚀，只有他们的领袖阿波罗才能抵御。
因此，就算盖亚的为了寻找银河之星，他也不会亲手去拿的，因为会让自己陷入疯狂之中，为了得到银河之星，盖亚希望众人可以和他一起前往宇宙寻找阿波罗，然而作为普通人，孩子们渴望平静的生活，他们还没有做好承担这份使命的准备。
想想也是，你是谁啊，凭什么要跟你去寻找银河之星？有什么好处？
但是很快，阿奴比再次卷土重来，盖亚挺身而出，救下了迪路众人，也算是救了他们一命，有了这一层的救命之恩，迪路等人也不好再拒绝，只好跟着盖亚去寻找阿波罗。
银河之星不仅能蕴含着强大的能量，还有一个隐藏的效果，那就可以可以感知到其他的宇宙星神。
而银河之星很快感知到了另一个星神的所在地，盖亚当机立断，决定带领众人前往水星，另一边在邪恶心神的大本营，太虚星，黑心星潘拉和邪星神卡洛斯收到了阿努比的传讯，知道了银河之星已经重现了。
只有夺得了银河之星，才可以复活他们的领袖萨隆，为了夺取银河之心，控制整个宇宙邪心神，卡洛斯决定亲自出马，而潘拉则选择按兵不动。
潘拉其实是有异心的，看似是萨隆那边的手下，其实他是想要反叛萨隆，自己独吞了银河之星，因为银河之星拥有着非常强大的力量，如果潘拉得到了银河之星，那萨隆也未必是他的对手。
与此同时，阿菲斯特根据蛛丝马迹在玄冰星系找到了被冰封的萨隆，虽然在星神大战中，他被阿波罗打的分崩离析，只剩下一个脑袋被冰冻在了玄冰之中，但也因获得吸取了部分银河之心的力量。
如今他已拥有不死之身，只要在得到银河之心就能破冰重生，并且获得比之前更加强大的力量，而且，萨隆还告诉阿雷斯特，他周围的这些玄冰，也全部都得到了银河之星的力量，全部都进化成了太虚玄冰。
太虚玄冰同样有着非常强大的力量，可以快速提升士兵的实力，在萨隆的阵营里面，实力最强大的就是阿雷斯特，而阿雷斯特也是对萨隆最忠心的一个星神。
在萨隆的命令之下，阿雷斯特把周围的玄冰全部带走，因为这些玄兵也吸收了银河之心的力量，能大幅提升战士的属性，经过测试，只需一小块玄兵就可以让士兵的实力快速提三倍，这就是银河之星的厉害之处。
同一时间，主主角团在灵动号的ai机器人卓亚的帮助下找到了水星神泰西斯。
在这部动漫里面，泰希斯的实力也是比较弱的，可以和盖亚争夺一下最弱星神的地位了，不过泰希斯还是有一个非常厉害的地方，那就是他的枪法非常准。
谁能想到泰西斯竟失去了斗志，不愿出山帮助盖亚。
在泰希斯的解释之下，众人才明白是为什么，原来泰希斯曾和黑星神潘拉形同手足，但就是因为立场的不同，在奥坦死后的那场世纪大战中，两个人身处不同的阵营，泰希斯不得不出手打伤了潘拉，并且一枪就打瞎了潘拉的一只眼睛，这也是泰希斯打得最准的一次了，在之后的剧情中，泰希斯是全程划水，基本上是毫无作为。
他不得不对帕拉开枪打下了后者的一只眼睛，战斗结束后，泰西斯无法接受自己打伤好友的现实，于是便选择了逃避。
就在这时，留守灵动号的小安和瑶瑶遭到了阿努比的袭击，盖亚见状立刻起身回援，谁知这竟是阿努比的调虎离山之计，而盖亚就这么轻松地被引走了，阿努比趁机派出狼去抢夺银河之心。
面对强大的外星生物，只是普通人的迪路等人完全没有反抗的能力，很快就被逼入了角落，危机时刻，泰西斯想起了身为星神的使命及时出手，一枪解决了荒狼。
但是在解决荒狼的同时，银河之星也滚落到了泰希斯的身前，之前说过有这么一个设定，只要星神触碰了银河之星，就会被其中的黑暗力量吞噬并且迷惑，并不是所有的星神都知道这一点，盖亚是从阿波罗那里得知了这个消息，而泰希斯很显然是完全不知道的。
此时的水星神泰西斯被对此还一无所知，当他捡起银河之心时，内心深处的黑暗让他瞬间迷失了自我，就连双目也在此刻变得一片赤红，这个时候偏偏盖亚是正好赶了回来，看着姗姗来迟的盖亚，泰西斯二话不说，直接对其发起了攻击。
盖亚不知道发生了什么，一回来就看到盖亚对自己出手，盖亚没有办法只好反击，虽然盖亚也是很弱的，但泰希斯比盖亚还要弱，如果是在远距离攻击，那泰希斯肯定比盖亚要强，但是在近距离的战斗中，泰希斯还不是盖亚的对手。、
但是毕竟是面对自己的兄弟，盖亚也不敢用出全力，只是全力都在防守，没有任何的进攻，在泰希斯的猛攻之下，也是逐渐地有些坚持不住。
无心还手的盖亚处境相当不容乐观，好在危难之际，奥塔的身影突然闪烁在了奥坦的心中，同时光芒照耀在他的身上，及时唤醒了泰西斯的意识，才险之又险的化险危机。
随后，泰西斯把银河之心交给了迪路，在这里面，人类是完全不会受到银河之星影响的，所以盖亚才需要他们，他才会要求迪路跟他们一同上路。
就算是阿波罗，同样也会受到银河之星的影响，只是他心中的正义感足够的强大，才能够压制银河之星中的黑暗力量，至于其他的星神，那根本就抵挡不住银河之星的力量。
最终，经过这次的事件，泰希斯想起了以前和阿波罗并肩作战的日子，以及奥坦的嘱托，自己身为星神的职责，最终决定加入队伍，与盖亚一起踏上征程，将银河之星交到阿波罗的手中。
到现在，水星神泰西斯正式归位，而他们的下一站正是金星。
与此同时，卡洛斯也来到了太阳系，除了阿奴比之外，还有一位大将西摩尔也来到了这里。
卡洛斯人狠话不多，在得知了盖亚等人的位置后，当即率领大军对金星发起了突袭，可以说是速度极快，直接就打了主角团一个措手不及。
宇宙星神的剧情虽然老套，但他和其他的动漫有一点不同，那就是这里面的反派主角智商极高，而且完全压制了反派，几乎全程都算到了主角团的动向，而且实力也远远在主角团之上。
他们只不过是凭借着主角光环，才多次在反派的追杀之中存活下来，而前期的迪路他们吗，也是一直都被反派追着跑的，只有找到新的星神加入，才能暂时压制反派，但下一集又会被反派打败。
一直到主角阿波罗出来，有了阿比罗的领袖和指挥，主角团一下子聪明了起来，完全压制住了反派，而且那个时候萨隆还只有个脑袋，并不是完全体。
因此整部动漫的最强战力还是阿比罗，反派众人直接就被吊起来打，没办法实力的碾压，不管反派用什么奸诈的计策，都无法击败阿波罗。
而且阿波罗并非是无脑的领袖，他的智商同样相当高，直接碾压了邪恶星神。
之前把阿波罗塑造的太过强大了，导致没有任何一个反派能够打败他，最后只能给他来了个剧情杀，也算是整部动漫的败笔了。
为了追杀萨隆，阿波罗和波塞冬来到太虚幻境之中，首先从前面的剧情可以看出，阿波罗的智商很高，在他出来之前，主角团一直都被牵着鼻子走，阿比罗出来之后，胜负关系才颠倒了过来。
但是就是智商这么高的阿波罗，居然会看不出这是诱敌之计，甚至还一路追到了太虚幻境里面，这本来就是剧情上的漏洞，根本就是不可能发生的。
而比起剧情更离谱的是太虚幻境，竟然能完全复制阿比罗和波塞冬的复制体，而且这复制体的实力甚至比本体还要强，最终阿波罗无法战胜自己的幻影，死在了太虚幻境里面。
这纯纯的就是剧情杀了，因为阿波罗实在太过强大了，而萨隆还没有复活，反派里面没有能抗衡阿比罗的，为了剧情能发展下去，只好将阿波罗给弄死了。
这也是整个剧情里面最大的败笔了。
而剧中的反派不仅全程智商在线，还拥有超强运营，其中最典型的代表无疑就是卡洛斯了，为了夺取银河之心，卡洛斯率领大军来到了金心，他的士兵提前装载的太虚玄冰，实力早已不可同日。
就算是没有装载太虚玄冰的士兵，盖亚和泰希斯都未必是他们的对手，更何况是面对数倍于己方的敌人，盖亚与泰西斯毫无还手之力纷纷陷入绝境。
危机时刻，金星神维纳斯出手相助，也是宇宙星神中唯一的一个女性，维纳斯和其他星神不同的一点是，她曾经是萨隆曾经的徒弟，也是得到了萨隆的真传。
伴随着维纳斯的加入战斗，主角和反派开始对战起来，按理来说阿奴比和西摩尔只比普通小兵强一点，但泰希斯和盖亚竟然不是他们两个的对手，维纳斯有这样的猪队友，实在是有点太为难她了。
而就在主角团要被击败的时候，卡洛斯又犯了反派最容易犯的一个错误，那就是话太多了，盖亚突然爆发了全部的力量，甚至短暂地压制了卡洛斯，但实力的差距实在太大，卡洛斯发动暗能聚合，用出自己的大招，一招直接重创了盖亚。