然而次年也就是顺治二年，清朝以所谓的“辽、金分统宋时天下，其太祖应庙祀；元启疆宇，功始太祖，礼合追崇”为由，在历代帝王庙中增加了：辽朝的太祖皇帝耶律阿保机、金朝的太祖皇帝完颜阿骨打、元朝的太祖皇帝孛儿只斤·铁木真和世祖皇帝孛儿只斤·忽必烈4人，旋即又加上了金朝的世宗皇帝完颜雍；如此一来，清朝历代帝王庙祭祀的皇帝就有10人，其中汉人皇帝一半，少数部族皇帝一半——这意味着什么难道还不够明显吗？变化出现在了顺治十七年，这一年清朝基本粗定南北，南明的残余势力几无东山再起之可能，满汉之防少许放缓——于是相对应的，清朝历代帝王庙的格局再次变化：辽朝的太祖皇帝耶律阿保机、金朝的太祖皇帝完颜阿骨打、元朝的太祖皇帝孛儿只斤·铁木真被请出去；商朝的中宗大戊、高宗武丁，周朝的成王姬诵、康王姬钊，西汉的太宗文皇帝刘恒，北宋的仁宗皇帝赵祯，明朝的孝宗敬皇帝朱祐樘，这些“守成之君”加入了历代帝王庙。然而仅仅不到两年，又发生了变化——顺治皇帝爱新觉罗·福临死了、康熙皇帝爱新觉罗·玄烨即位，辅政的是一众满洲老臣，满汉之防再次被强调，相对应的历代帝王庙也再次变更：“辽太祖、金太祖、元太祖均系开创之主，仍应入庙并祀”，于是辽朝的太祖皇帝耶律阿保机、金朝的太祖皇帝完颜阿骨打、元朝的太祖皇帝孛儿只斤·铁木真再度回归；而商朝的中宗大戊、高宗武丁，周朝的成王姬诵、康王姬钊，西汉的太宗文皇帝刘恒，北宋的仁宗皇帝赵祯，明朝的孝宗敬皇帝朱祐樘，作为守成之主“仍应在各陵庙致祭”——于是这7位皇帝再次被请出去，历代帝王庙的格局一下子恢复到了顺治二年。康熙皇帝爱新觉罗·玄烨亲政后，这个格局都没有变；直到60年后的康熙六十一年，康熙皇帝爱新觉罗·玄烨提出了“凡曾在位，除无道被弑、亡国之主外，应尽入庙崇祀”的主张，将历朝历代的皇帝几乎全部请进来了。当然，这也不是说康熙皇帝爱新觉罗·玄烨如何大公无私，他这么做的理由只是“况前代帝王曾为天下主，后世之人俱分属其臣子，而可轻肆议论、定其崇祀与不崇祀乎？”

——皇帝的功过需要你们臣子议论吗？于是大臣们讨论出一个143人的超级名单，补充进了历代帝王庙，“扩招”率1430%，这里头甚至包括了：西汉的哀皇帝刘欣，东汉的殇皇帝刘隆、冲皇帝刘炳，唐朝的僖宗皇帝李儇、南宋的端宗皇帝赵昰、金朝的宣宗皇帝完颜珣、元朝的宁宗皇帝孛儿只斤·懿璘质班；但同时又专门提出“有明国事，坏自万历、泰昌、天启三朝，神宗、光宗、熹宗不应崇祀，咎不在愍帝也”，断绝了神宗显皇帝朱翊钧、光宗贞皇帝朱常洛、熹宗悊皇帝朱由校祖孙三人入庙的可能。乾隆元年，清朝给了明朝的建文皇帝朱允炆一个“恭闵惠皇帝”的谥号，也请进了历代帝王庙里。之后乾隆皇帝爱新觉罗·弘历更是6次亲祭、5次赋诗、4次撰写碑文、10余次颁布谕旨，还提出了“中华统绪不绝如线”的新主张，作为历代帝王庙的“核心价值观”。乾隆四十九年，历代帝王庙又一次扩编，乾隆皇帝爱新觉罗·弘历组织大臣讨论了两晋、北魏、五代十国几位帝王的补充入庙问题，尤其是提出“金哀宗殉国，亦宜列祀”；大臣们自然是“万岁爷英明”，于是又补充了25人——至此，历代帝王庙入祀的历代帝王多达188位！也是在这次扩编活动中，乾隆皇帝爱新觉罗·弘历引用了元末明初杨维桢的论述，确定了“正统在宋，不在辽、金、元”的主张，并再度以“明神、憙二宗，法纪坠失”的理由，重申了明朝的神宗显皇帝朱翊钧、熹宗悊皇帝朱由校不得入庙祭祀的原则。至此，清朝完成了对历代帝王庙的布置，将其变身成为宣传清朝“继承并发扬历朝正统光辉”的政治标杆。虽然清朝对于历代帝王庙的扩编几乎是“宁滥勿缺”，但还是有不少帝王进不去，他们是：夏朝的太康和桀，太康是只顾游玩享乐不理朝政、外出狩猎数月不归以至于被后羿夺权，史称“太康失国”，算亡了一次国；桀那就不用多说了。商朝的武乙和帝辛，武乙是要射天、结果被雷劈；帝辛就是纣王，不用多说了。周朝的文王姬昌、厉王姬胡、幽王姬宫湦、哀王姬去疾、思王姬叔、赧王姬延：文王姬昌没上，是因为乾隆皇帝爱新觉罗·弘历钦定他没反商，反商的是他儿子，厉王姬胡，“道路以目”的那位；幽王姬宫湦，“烽火戏诸侯”的那位；哀王姬去疾，即位三个月被弟弟杀害；思王姬叔，杀害兄长，在位仅五个月也被弟弟杀害；赧王姬延，“债台高筑”的那位。秦朝的始皇帝嬴政、二世皇帝嬴胡亥，二世皇帝嬴胡亥不用多说、始皇帝嬴政在历史上一直被主流视为暴君；西汉的平皇帝刘衎、孺子刘婴，这两位都是王莽篡位的牺牲品；新朝的王莽，篡位之君。东汉的质皇帝刘缵、桓皇帝刘志、灵皇帝刘宏、献皇帝刘协：质皇帝刘缵，被跋扈将军梁冀毒杀；桓皇帝刘志、灵皇帝刘宏“未尝不太息痛恨也”，其实他们两位本来在康熙六十一年扩编的时候进去了，这次扩编又请出去了；献皇帝刘协，不用多说了。曹魏的太祖武皇帝曹操、高祖文皇帝曹丕、烈祖明皇帝曹叡、邵陵厉公曹芳、高贵乡公曹髦、元皇帝曹奂，东吴的太祖大皇帝孙权、孙亮、太宗景皇帝孙休、归命侯孙皓，都没有进历代帝王庙；蜀汉的后主刘禅就不用多说了、烈祖昭烈皇帝刘备入庙——这其实表达的是清朝“尊蜀汉为三国正统的”政治理念。